Ninurta được cho là con trai của Enlil.[1] Ở Lugal-e, mẹ anh được cho là nữ thần Ninmah, người được ông đổi tên thành Ninhursag,[3][7] nhưng, ở Angim dimma, mẹ ông là nữ thần Ninlil.[8] Dưới tên Ninurta, vợ ông thường là nữ thần Gula,[1] còn dưới tên Ninirsu, vợ ông là nữ thần Bau.[1] Gula là nữ thần chữa bệnh và y học[9] và đôi khi bà được cho là người vợ của vị thần Pabilsaĝ hoặc vị thần cây cối Abu.[9] Bau được thờ phụng "hầu như chỉ ở Lagash"[10] và đôi khi được cho là vợ của vị thần Zababa.[10] Bà và Ninĝirsu được cho là có hai con trai: Ig-alima và Sul-šagana.[10] Bau cũng có bảy cô con gái, nhưng Ninĝirsu không được nhắc đến như là cha của họ.[10] Là con trai của Enlil, anh chị em của Ninurta bao gồm: Nanna, Nergal, Ninazu,[11][12] Enbilulu,[13] và đôi khi là Inanna.[14][15]